En mayo de 1982, es nombrado obispo de Evreux.
Hombre del terreno, Jacques Gaillot intervino con frecuencia en los acontecimientos de la actualidad. En 1983, aportó su apoyo público a un joven objetor de conciencia juzgado ante el tribunal de Evreux. En octubre de 1983, en la asamblea anual del episcopado, él es uno de los dos obispos que votan en contra del texto del episcopado sobre la disuasión nuclear. En 1985, toma posición a favor de la sublevación palestina en los territorios ocupados y se reúne con Yaser Arafat en ciudad de Túnez. Fue invitado por la ONU con motivo de una sesión extraordinaria sobre el desarme. En julio de 1987, marcha a Sudáfrica para verse con un joven militante anti-apartheid de Evreux condenado a cuatro años de cárcel por el régimen de Pretoria. Para realizar este viaje, debe renunciar a acompañar la peregrinación diocesana a Lourdes. Esto le merece críticas.

En noviembre de 1988, interviene en la sesión a puertas cerradas de la asamblea plenaria en Lourdes para proponer la ordenación de hombres casados.
Octubre de 1989, participa en un viaje a Polinesia francesa organizado por el Movimiento de la paz para pedir el cese de pruebas nucleares francesas.
El 12 de diciembre de 1989, participa en la ceremonia de traslado de las cenizas del Abbé Gregoire al Panteón. Fue el único obispo francés en realizar ese gesto.
En 1991, declara su oposición a la guerra del Golfo con la publicación de un libro «Lettre ouverte à ceux qui prêchent la guerre et la font faire aux autres» (traducción libre en castellano: Carta abierta a los que predican la guerra y mandan a otros para hacerla". condena el bloqueo contra Irak. Jacques Gaillot convocó un sínodo que duró tres años. Escribe una docena de libros; uno de ellos, «Coup de gueule contre l'exclusion» (trad. libre: Bronca contra la exclusión), no va a pasar desapercibido. El autor critica severamente las leyes sobre la inmigración del ministro de Interior del momento. Este libro servirá de "pretexto" para que Roma le destituya.
En todas sus intervenciones, Jacques Gaillot está convencido de que los medios de comunicación, de cualquier índole, constituyen el lugar privilegiado de la comunicación en el mundo moderno. Su palabra es libre y no teme decir "yo", ser sencillo y claro.

Su fidelidad al Evangelio se expresa en algunos rasgos principales: la preocupación por los pobres y los marginados, el rechazo de toda complacencia, el apego al derecho, la justicia y la paz. La convicción de que Jesús le pertenece a la humanidad y no sólo a los cristianos, la evidencia de que las ovejas de fuera del redil bien merecen que se dejen a las otras dentro para salir a buscarlas.

En 1995, Jacques Gaillot fue citado en Roma. La cuchilla cae sobre él: «Mañana, viernes 13 de enero a las 12 del mediodía, usted dejará de ser el obispo de Evreux», Jacques Gaillot se convierte en obispo de Partenia, un obispado situado en las altas mesetas del Sétif en Argelia, allí donde cumplió su servicio militar. Desaparecida en el siglo V, la diócesis se convirtió en el símbolo de todos los que, tanto en la sociedad como en la Iglesia, tienen el sentimiento de no existir.
La decisión de Roma provocó una ola de incomprensión en Francia y en el extranjero y dejó heridas de injusticia en cristianos y no cristianos.
Dejando el obispado de Evreux, Jacques Gaillot habitó en la famosa casa de ocupas de la calle del Dragón en París, en medio de las familias de los extranjeros sin papeles. Forma parte de asociaciones que defienden los derechos de los sin papeles y de los sin techo, se convierte en el obispo de los pobres, llamado con frecuencia fuera de Francia para la defensa de presos políticos y de los derechos humanos.

En 1995 publicación de «Je prends la liberté» en la editorial Flammarion (edición en lengua española intitulada: "Me tomo la libertad" ed. Nueva Utopía, 1996).

En 1996 lanzamiento de la página Partenia. Este sitio no tardará en ser animado desde Zúrich y se va a desarrollar en 7 lenguas con un Forum, cuadernos de bitácora, intervenciones sobre la actualidad.

Jacques Gaillot fue acogido en la comunidad de los Espiritanos en París. Allí es en donde reside actualmente.